Por último, se debe enfatizar que el régimen de estabilidad que amparaba a los funcionarios de la Contraloría y que obligaba al Contralor a aplicar dicho Reglamento para realizar las destituciones, desapareció al adoptarse la Ley 9 de 1994, sobre Carrera Administrativa. Así se expresó en Sentencia de 10 de septiembre de 2002 donde la Sala, al interpretar el artículo 9 de la Ley 32 de 1984, orgánica de la Contraloría General de la República, señalo lo siguiente:
“En cuanto a la infracción del artículo 9 de la Ley 32 de 1984, conviene aclarar, que en su momento esta norma otorgó estabilidad a los funcionarios de la Contraloría General de la República que laboraron en ella a satisfacción, durante un mínimo de cinco (5) años. Sin embargo, esa estabilidad no era indefinida, pues, estaba condicionada a la ocurrencia de un evento, esto es, ‘Hasta tanto se dicte la Ley de Carrera Administrativa’, hecho ocurrido el 21 de junio de 1994, cuando fue promulgada en la Gaceta Oficial N.° 22,562. En otras palabras, a partir de la fecha en que este cuerpo legal entró a regir, los funcionarios de esa entidad debían ingresar al régimen de Carrera Administrativa a través de los procedimientos ordinarios y especial, según el caso, en ella instituido.”
(Trinidad Lasso contra el Contralor General de la República).
Sentencia de 3 de marzo de 2006. Caso: Jorge Bernal Hernández c/ Contraloría General de la República.