La Ley 44 de 2004 instituye que el Parque Nacional Coiba pertenece al Sistema Nacional de Áreas Protegidas de la Autoridad Nacional de Ambiente, es decir, que forma parte de aquellos espacios geográficos terrestres, costeros, marinos o lacustres determinados legalmente, con propósitos educativos, investigativos, de conservación y recreación de estos recursos naturales.
El Sistema de Áreas Protegidas fue creado por medio de la Resolución J.D.-022-92 de 2 de septiembre de 1992, dictada por la Junta Directiva del Instituto Nacional de Recursos Naturales y Renovables. Originalmente, este Sistema fue concebido como un ente administrativo bajo la Dirección General del INRENARE, es responsable de la administración, planificación, conservación, vigilancia, protección y control de los Recursos Naturales Renovables existentes dentro de las Áreas Silvestres Protegidas de la Nación.
Sentencia de 18 de julio de 2022. Demanda Contencioso Administrativa de Nulidad CIAM y PROMAR c Consejo Directivo del Parque Nacional Coiba.